Ugarska je željela uspostaviti stroži nadzor nad bosanskom biskupijom pa se u Rimu na početku devedesetih godina 12. stoljeća zauzimala da bosanska biskupija potpadne pod jurisdikciju prougarskog nadbiskupa u Splitu. Tada je vladar Zete, kojem je bilo stalo do toga da diskreditira i Bosnu i Dubrovnik, počeo obasipati papu poslanicama u kojima se tužio da su Kulin ban, njegova žena i na tisuće njihovih podanika postali heretici.⁵ Možda su te pritužbe bile i način da se od pape ishodi odobrenje da se prigrabi nešto od bosanskog teritorija.

Međutim, Kulin ban je na kraju neutralizirao krizu tako što je sazvao skup poglavara Katoličke crkve u Bosni (takozvani skup na Bilinom polju) 1203. godine, na kojemu je javno žigosan niz pogrešaka. čini se da su se te pogreške više odnosile na nemar u vršenju vjerskih obreda nego na ozbiljnu doktrinarnu herezu. Ipak, uspostavljena je tradicija da se Bosna žigoše optužbama zbog hereze.⁶ Sam Kulin ban, koji je oduvijek tvrdio da je dobar katolik, umro je sljedeće godine.

U idućih pola stoljeća Bosna je neprestano bila pod pritiskom svoga moćnog susjeda Ugarske. Mađari se nisu odrekli nauma da zadobiju nadzor nad bosanskom biskupijom. Pape su u tridesetim godinama 13. stoljeća neprekidno upućivale ugarskim vladarima i biskupima zahtjeve da iskorijene herezu u bosanskoj dijecezi.⁷ To je djelomice bila i reakcija na neobično nisku razinu bosanskog klera: u jednom papinskom pismu iz 1232. godine rečeno je za katoličkog biskupa u Bosni da je nepismen, da ne poznaje čak ni obred krštenja, i da je, što nije potrebno valjda ni spominjati, u dosluhu s hereticima.

A možda se iza svega toga krila i zabrinutost koju su vješto poticali ugarski vladari, koji su tražili vjersko opravdanje za upad u Bosnu. Do upada je i došlo potkraj tridesetih godina 13. stoljeća; do 1238. godine Mađari su osvojili južni i srednji dio Bosne, Vrhbosnu, i trudili se svim silama da utemelje u Bosni dominikanski red.s Bosanski ban Ninoslav zadržao je ipak nešto teritorija; pa kad se ugarska vojska 1241. godine iznenada povukla na sjever da se suprotstavi prijetnji mongolske najezde na Ugarsku, uspio je ponovo zadobiti vlast u Bosni. Mongoli su hametice potukli ugarsku vojsku i nastavili put pljačke i razaranja kroz sjevernu Hrvatsku sve do Dalmacije. Međutim, kad su doznali da im je umro Veliki Kan, vratili su se na istok, preko Zete (Crne Gore) i Srbije. Na taj su način zaobišli Bosnu pa joj nisu nanijeli gotovo nikakve štete.

⁵ Vidi pismo Vuleanusa (Vukana) od Zete Inocentu III, rujan 1199., u Fermendžin, ur., Ada Bosnae, str. 5.
⁶ Fine, Late Medieval Balkans, str. 18, 43-47; za detaljnu analizu skupa na Bilinom polju vidi Fine, Bosnian Church, str. 126-134. Sam čin odreknuća tiskanje u Migne, ur., Patrologia latina, sv. 215, stup. 153-155.
⁷ Fermendžin, ur., Ada Bosnae, str. 8-11.